一、課程簡介:
農藝系九十三學年度第一學期課程

一、課程名稱：作物功能基因體學導論
Introductory Crop Functional Genomics

二、開課時間： 每星期三（3、4節）

三、授課教師：常玉強 助理教授

四、學分數：2 學分

五、修課對象：大學部四學生及研究生或已先修習生物化學、遺傳學或分子生物學之大三同學，其他同學請先與開課老師聯絡

六、教科書：自編講義

七、課程目的：

功能基因體學整合了遺傳學、生物化學、分子生物學、細胞生物學及其他相關科學而成之新興科學。近來，許多重要物種之基因體已（將）完成定序工作，如何在龐大的DNA資訊中鑑定（並選殖）出有功能之基因是未來重要的工作，此即功能基因體學。由於功能基因體學為一新學問，目前並無相關教課書。雖然「Methods in Molecular Biology」系列於2003年八月出版一本「Plant functional genomics」，惟該書內容由個別專業之教授各自負責某一章節集結而成，並不適合作為大學生或研究生入門之教科書。因此授課老師自編一份講義，針對生物相關領域的學生（曾修過遺傳學或分子生物學）作一入門之介紹。由於授課內容常牽涉性狀之描述，因此講義以彩色power point圖檔型態表達。

八、課程大綱及進度：
授課內容簡介：第一章簡介後，課程主要分兩部分：第二章至第九章針對植物單一功能基因之各種研究，第十章至第十三章則擴展至基因與基因之間之相互作用之各種研究。一開始針對單一基因，第二章『How to clone a plant/crop gene』介紹如何研究有興趣性狀所負責之基因（序列），其後介紹新興之方法—Gene Tagging技術，及其所衍生之許多新方法如：Gene trapping、Activation tagging。並介紹這些技術在順向/逆向遺傳學（Forward/Reverse Genetics）上之應用。而第七章『Mutants screening』則蒐集十年來所有相關文獻，以學生較易理解之方法為出發點（假設學生執行該項工作所需之工作量），整理出四小時授完約百篇文獻之內容。其後配合第八章電腦網路之資源之介紹，傳達網路資源對功能基因體學研究之重要性。最後第九章『How to identify a plant/crop gene』介紹獲得功能基因（之序列）後，仍需進一步印證；與第二章前後呼應。第二部分則針對了解個別基因後，尚需了解基因與基因之間相互調控，才能支撐龐大的生命現象。第十章至第十三章分別以性狀、mRNA、蛋白質及代謝化合物為平台研究功能基因間之相互關係。最後第十四章比較動物相關之功能基因體學研究作為結束。

如有疑問請洽校內分機4118或
e-mail: bocharng@ccms.ntu.edu.tw


每週兩小時，一學期十八週，各週教學主題如下：

9/15 Chap 1. Introduction: genome and genome size

9/22 Chap 2. How to clone a plant/crop gene

9/29 Chap 3. Functional genomics & genome sequencing projects

10/6 Chap 4. Forward and reverse genetic approaches to gene function

10/13 Chap 5a. Gene tagging and trapping

10/20 Chap 5b. Strategies for gene tagging

10/27 Chap 6. PCR, inverse PCR and TAIL PCR

11/4 Quiz

11/10 Chap 7a. Mutant screening

11/17 Chap 7b. Mutant screening

11/24 Chap 8. NCBI blast for T-DNA flanking region

12/1 Chap 9. How to identify a cloned gene: complementation, targeting

12/18 Chap 10. Phenomics: phenotypic profiling of mutant collections

12/15 Chap 11. Transcriptomics: gene expression analysis by mRNA profiling

12/22 Chap 12. Proteomics: analyzing the plant proteome

12/29 Chap 13. Metabolomics: profiling the composition of metabolites

1/5 Chap 14. Functional genomics study in animal system

1/12 Quiz

Chap 15. Plant transformation & transformants analysis